NGS技術(shù)??谖迤谏飿颖颈4?amp;運(yùn)輸
拿到樣本后直接扔冰箱?運(yùn)輸時(shí)只用泡沫箱加冰袋?這些操作可能讓你的NGS數(shù)據(jù)“翻車”!樣本保存和運(yùn)輸是測(cè)序成功的**步,但80%的科研人都在這一步踩坑。本期NGS技術(shù)專刊,一文講透血液、組織、核酸等樣本的正確處理姿勢(shì)!
為什么樣本保存運(yùn)輸是NGS的“生死關(guān)”?
NGS技術(shù)雖強(qiáng)大,但“垃圾樣本進(jìn),垃圾數(shù)據(jù)出”!
常見翻車現(xiàn)場(chǎng):
血液樣本溶血導(dǎo)致游離DNA降解
組織樣本反復(fù)凍融,RNA斷成“二維碼”
微生物樣本常溫運(yùn)輸,活菌變死菌
……
科學(xué)依據(jù):樣本中的核酸、蛋白質(zhì)或細(xì)胞活性對(duì)溫度、時(shí)間極度敏感,錯(cuò)誤保存會(huì)直接導(dǎo)致:
基因表達(dá)譜失真
微生物多樣性數(shù)據(jù)偏差
低頻突變檢出失敗
超全生物樣本保存&運(yùn)輸指南
1、血液樣本
類型 | 保存方式 | 運(yùn)輸 | 保存期 |
全血(有核細(xì)胞) | 4℃EDTA抗凝管 | 冰袋+4℃恒溫箱 | 24h |
血漿/血清 | 分離后-80℃凍存(避免反復(fù)凍融) | 干冰運(yùn)輸 | 1年 |
游離DNA | 專用cfDNA保存管 | 常溫 | 7天 |
推薦:
LAKEbio游離DNA常溫保存管(有注冊(cè)證,貨號(hào):3aB0310.0-100)
2、組織樣本
類型 | 保存方式 | 運(yùn)輸 |
新鮮組織 | 切割標(biāo)本后置于樣本冷凍保存管中,液氮或者-80℃冰箱保存 | 干冰運(yùn)輸 |
FFPE樣本 | 常溫保存,建議不超過半年 | 置于固定液常溫運(yùn)輸 |
冰凍切片 | -20℃不超過三個(gè)月,-80℃長(zhǎng)期保存 | 干冰運(yùn)輸 |
3、核酸樣本(DNA/RNA)
類型 | 保存濃度 | 存儲(chǔ)溫度 | 運(yùn)輸 |
DNA | ≥50ng/μL | -20℃短期 | 冰袋 |
RNA | ≥200ng/μL | -80℃長(zhǎng)期 | 干冰 |
推薦:
RNA樣本可添加RNA穩(wěn)定劑
長(zhǎng)期儲(chǔ)存建議分裝至低吸附離心管
麥伯生物1.5ml低吸附離心管(貨號(hào):MT-1.5-S-C-LR)
4、微生物樣本
類型 | 需氧/厭氧 | 保存液 | 運(yùn)輸 |
腸道菌群 | 厭氧 | 含甘油冷凍保護(hù)劑 | -80℃干冰 |
環(huán)境微生物 | 需氧 | DNA/RNA Shield | 常溫 |
關(guān)鍵點(diǎn):
活菌運(yùn)輸需使用轉(zhuǎn)運(yùn)培養(yǎng)基
16S擴(kuò)增子測(cè)序樣本建議-80℃保存以防菌群比例變化
樣本是NGS的“生命之源”,一次正確的保存選擇,可能挽救價(jià)值百萬(wàn)的科研數(shù)據(jù)!
溫馨Tips:
(1)樣本保存要注意標(biāo)記清楚編號(hào)、樣本類型、處理日期、保存條件等。
(2)游離核酸血液樣本雖然是常溫運(yùn)輸,但是面對(duì)極端天氣,要采取相應(yīng)措施:冬季采血管可裝在保溫容器(例如保溫杯)中寄送,注意防撞;夏季,保溫容器先在4℃冰箱預(yù)冷,然后裝采血管寄送,注意防撞。
(3)FFPE樣本常溫運(yùn)輸要注意高溫天氣,采取適當(dāng)降溫措施。